013-2011

MO640 - Questão para a Prova Oral

Enunciado:
Sobre algumas das propriedades das duas abordagens para comparação de sequências (Similaridade e Distância), assinale a alternativa correta.

1. Similaridade possui desigualdade triangular e comparação local enquanto que a Distância não possui desigualdade triangular e a comparação tem que ser global.
2. Similaridade não possui desigualdade triangular nem comparação local enquanto que a Distância possui desigualdade triangular e a comparação tem que ser global.
3. Similaridade possui desigualdade triangular e comparação global enquanto que a Distância também possui desigualdade triangular e a comparação tem que ser local.
4. Similaridade não possui desigualdade triangular, mas possui comparação local enquanto que a Distância possui desigualdade triangular, mas a comparação tem que ser global.
5. NDA

Ideia original de Wilson Vendramel

012-2011

MO640 - Biologia Computacional - Questão Oral

Número: 012
Enunciado:

Considere as seguintes afirmações sobre a busca em bancos de dados:

1. Uma matriz 1-PAM denota as probabilidades de substituição de sequências que sofreram 1 unidade de evolução, ou seja que mudaram exatamente 1 aminoácido.
2. Matrizes PAM são utilizadas pelo BLAST para realizar comparações de DNA.
3. No método FAST, o parâmetro ktup influencia na sensibilidade (capacidade de encontrar sequências similares) e na seletividade (capacidade de descartar falsos positivos) do algoritmo. Um alto ktup aumenta a sensibilidade e um baixo ktup aumenta a seletividade.

1. São corretas apenas I e II.
2. São corretas apenas II e III.
3. Apenas I é correta.
4. Apenas II é correta.
5. NDA

Ideia original de: Felipe Holanda

011-2011

MO640 - Biologia Computacional - Questão Oral

Número: 011

Enunciado:

Existem diversas ferramentas e técnicas para a busca de sequências em bases de dados. Escolha a afirmação incorreta dentre os itens a seguir:

1. Em uma tal busca, uma sequência deve ser comparada com todas as sequências já existentes na base. Dada a complexidade quadrática dos métodos comuns, isto torna impraticável usá-los nas buscas em bases de dados muito grandes. Pensando nisto, novos métodos foram desenvolvidos para pesquisa nestas bases de dados, como por exemplo o "Basic Local Alignment Search Tool".
2. Para construir-se uma matriz PAM adequada à comparação de sequências distantes uma unidade de evolução, precisa-se de: (i) uma lista de mutações aceitas e (ii) as probabilidades de ocorrência de cada aminoácido.
3. Todas as matrizes PAM para distâncias diferentes de uma unidade de evolução entre proteínas são construídas a partir da matriz 1-PAM.
4. O método BLAST retorna uma lista de pares de segmentos de pontuação alta resultantes da comparação entre a sequência de busca e as sequências presentes na base de dados.
5. NDA

  Ideia original de: Kaio Karam

010-2011

MO640 - Questão para a Prova Oral

Enunciado:

Considere as seguintes sequências: s= AACT e t=GAGG. Se for aplicado algoritmo básico de alinhamento global para estas sequências com pesos de match = 1, mismatch = -1 e gap = -2, quais seriam os valores da última linha e da última coluna da matriz?

a. linha: -8,-7,-3,-2,-1 ; coluna: -8,-5,-4,-3,-2

b. linha: -8,-7,-3,-2,-1 ; coluna: -8,-5,-3,-2,-1

c. linha: -8,-7,-4,-3,-2 ; coluna: -8,-5,-4,-3,-2

d. linha: -8,-7,-4,-3,-1 ; coluna: -8,-5,-3,-2,-1

e. NDA

 
Ideia original de: Wilson Vendramel

009-2011

Escolha a alternativa que indica a similaridade correta entre as seguintes sequências.  Considere similaridades calculadas por dois tipos de algoritmo: o de comparação global e o de comparação local.

 

ATGATTACATCGTA

ACTACGATTACACA

(Use: match = +1 ; mismatch = -1 ; gap = -2;)

1. A similaridade Local é 2
2. A similaridade Local é 7
3. A similaridade Global é 2
4. A similaridade Global é 7
5. NDA

Ideia original de: Felipe Holanda