026-2011

  MO640 - Questão para a prova oral

Número: 026

Enunciado: Quantos pares orientados possui o seguinte genoma?

(0 -5 -6 -1 -3 -2 4 7)

1. 0
2. 2
3. 4
4. 8
5. NDA

024-2011

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 024-2011
Enunciado:
Assinale a alternativa INCORRETA.

1. Cada componente de um diagrama realidade-desejo equivale a um componente conexo no interleave graph correspondente.
2. Em um diagrama realidade-desejo, um componente A separa dois outros componentes B e C se todas as cordas entre algum terminal em B e algum terminal em C cortam alguma aresta desejo de A.
3. Um componente bom é um componente que contém um ciclo bom. Um ciclo bom é tal que possui pelo menos um par de arestas divergentes.
4. Um obstáculo é um componente ruim que não separa nenhum par de componentes.
5. NDA

Ideia original de: Kaio Karam

023-2011

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 023-2011

Enunciado:

Dada a permutação α =(-5,+3,-1,+4,-2), qual dos Reality and Desire Diagrams abaixo melhor representa RD(α)?

a.

b.

c.

d.

e. NDA

Ideia original de: Alexandre de Queiroz

021-2011

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 021-2011

Enunciado:

De acordo com o artigo de Anne Bergeron, A Very Elementary Presentation of Hannenhalli-Pevzner Theory, 2005, qual das alternativas abaixo NÃO apresenta o resultado de uma reversão que minimiza o score resultante quando aplicada a p = (1 -5 2 6 4 -3 -8 7)?

1. (1 -2 5 6 4 -3 -8 7)
2. (1 -5 2 6 4 -3 -8 -7)
3. (1 -5 -4 -6 -2 -3 -8 7)
4. (1 -5 2 3 -4 -6 -8 7)
5. NDA

Ideia original de: Adriano Batista Prieto

089-2008

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 089

Enunciado:
A menor fortaleza possui quantos ciclos?

1. 3
2. 6
3. 9
4. 12
5. NDA

Autor(a): Priscila do Nascimento Biller

088-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 088

Enunciado: Na literatura encontramos a fórmula da distância de reversão: d = n + 1 - c + h + f. Considere o diagrama realidade e desejo ao lado. Qual é o valor da distância de reversão? 10 11 12 13 NDA

Autor(a): Gustavo Waku

087-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 087
Enunciado:
Sobre o algoritmo de Bader, Moret e Yan para o cálculo de distância de reversão de permutações de tamanho n, podemos afirmar que:

1. Seu limitante inferior de tempo é O(n²).
2. Ele executa em O(n) para a maioria dos casos, mas não para todos.
3. Ele calcula a distância e os passos da ordenação em tempo O(n).
4. Ele calcula a distância em complexidade O(n) mas não calcula os passos da ordenação.
5. NDA.

Autor(a): Danilo Brandão Gonçalves

086-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 086
Enunciado:
Encontramos fórmulas diferentes na literatura para a distância de seqüências por reversão:

1. d(α) = n + 1 - c(α) + h(α) + f
2. d(α) = b(α) - c(α) + h(α) + f

onde n é o comprimento da seqüencia, b(α) é o número de breakpoints, h(α) é o número de obstáculos (hurdles) e f é um fator de correção para fortalezas (fortresses).

Por que há esta diferença?

1. Na 1ª fórmula c(α) é o total de ciclos menos os ciclos de tamanho 2. Na segunda c(α) é simplesmente o total de ciclos.
2. Na 2ª fórmula c(α) é o total de ciclos menos os ciclos de tamanho 2. Na primeira c(α) é simplesmente o total de ciclos.
3. Na 2ª fórmula c(α) é o total de ciclos bons. Na primeira c(α) é o total de ciclos ruins.
4. Na 1ª fórmula c(α) é o total de ciclos bons. Na segunda c(α) é o total de ciclos ruins.
5. NDA

Autor(a): Pedro Henrique Del Bianco Hokama

085-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 085
Enunciado: Considere o grafo de realidade e desejo a seguir, e os possíveis tipos de reversões seguras que existem. Qual dos tipo de reversão segura, se aplicandos neste momento, estarão caminhando na direção de ordená-lo com o mínimo número de reversões?

I. Reversão segura Tipo 1: definida sobre duas arestas reais divergentes em um ciclo bom. II. Reversão segura Tipo 2 (Hurdle Merging): definida sobre duas arestas reais em hurdles não consecutivos. III. Reversão segura Tipo 3 (Hurdle Cutting): definida sobre duas arestas reais de um mesmo ciclo ruim.

1. Somente I e II
2. Somente I e II
3. Somente II e III
4. O grafo consiste em uma fortaleza, logo não há reversão segura.
5. NDA

Autor(a): Fabio L. Usberti

084-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 084
Enunciado:
Considere as seguintes afirmações sobre ordenação por reversões:

I - A distância de reversão é igual ao tamanho das seqüências mais um, menos o número total de ciclos, mais o número de obstáculos e o fator de correção para fortalezas.
II - Uma reversão segura diminui o número de ciclos menos obstáculos em um.
III - Só existe uma reversão segura se existir uma boa componente.

Quais são verdadeiras?

1. Somente I e II.
2. Somente I e III.
3. Somente II e III.
4. I, II e III.
5. NDA

Autor(a): João Paulo Pereira Zanetti

083-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 083
Enunciado:
Com relação aos conceitos de ordenação por reversão (no assunto de rearranjo genômico), assinale a alternativa que corresponde ao número mínimo de reversões pelos quais a sequência abaixo terá de passar para se igualar à sequência identidade:

1. 13
2. 14
3. 15
4. 16
5. NDA

Autor(a): Tiago Takamoto

082-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 082
Enunciado:
Com relação ao Diagrama Realidade-Desejo, qual das definições abaixo está correta?

1. Ciclo próprio = tem pelo menos 4 arestas
2. Ciclo bom = possui duas arestas desejo que divergem
3. Ciclo ruim = possui duas arestas realidade que convergem
4. Ciclos sobrepostos = uma aresta realidade de um ciclo cruza uma aresta realidade de outro ciclo
5. NDA

Autor(a): Priscila do Nascimento Biller

081-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número:  081
Sobre o texto "Lecture 16: Genome rearrangements, sorting by reversals Saad Mneimneh" discutido em sala de aula, considere o diagrama de Realidade e Desejo abaixo, no qual os ciclos foram identificados com as letras A, B, C e D.
Assinale a alternativa correta:

o diagrama possui 4 ciclos e 4 componentes. D forma sozinho um componente ruim. A e C são ciclos bons. B é um ciclo bom. NDA

Autor(a): Gustavo Waku

080-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 080
Enunciado:
Dada a seqüência π = (-3, 2, -5, -6, 7, -8, 1, 4, 9), qual das seqüências abaixo pode ser obtida a partir de π pela aplicação de uma reversão?

1. (-3 -7 6 5 -2 -8 1 4 9)
2. (9 4 1 -8 7 -6 -5 2 -3)
3. (3 -2 5 6 -7 8 -1 -4 -9)
4. (-3 -2 -5 -6 -7 -8 1 4 9)
5. NDA

Autor(a): Danilo Brandão Gonçalves

079-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 079
Enunciado:
Segundo Mneimneh (lec 16), pode-se transformar um genoma A em um genoma B atráves de reversões (reversals). Modelando genomas como seqüências de blocos orientados, e dadas as informações abaixo sobre quatro tais seqüências, qual delas tem maior chance de ser ordenada com menos movimentos (reversões) ? Suponha que todas elas tenham o mesmo número de obstáculos.
I - Seqüência de tamanho 10 com 4 ciclos ( c(I) = 4 )
II - Seqüência de tamanho 12 com 5 ciclos ( c(II) = 5 )
III - Seqüência de tamanho 14 com 7 ciclos ( c(III) = 7 )
IV - Seqüência de tamanho 16 com 6 ciclos ( c(IV) = 6 )

1. A seqüência I.
2. A seqüência II.
3. A seqüência III.
4. A seqüência IV.
5. NDA

Autor(a): Bruno Conti Marini

078-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 078
Enunciado:
Sobre os efeitos de uma reversão no grafo de realidade e desejo, e sendo p a reversão definida por duas arestas realidade a e b, é correto afirmar que (em relação aos ciclos no grafo realidade e desejo):
I- se a e b pertencem ao mesmo ciclo e convergem, o número de ciclos se mantém;
II- se a e b pertencem ao mesmo ciclo e divergem, retira-se um ciclo;
III- se a e b pertencem a ciclos distintos, adiciona-se um novo ciclo;

1. Somente I.
2. Somente II.
3. Somente III.
4. I, II, III.
5. NDA

Autor(a): Victor de Abreu Iizuka

077-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 077
Enunciado:
No que diz respeito ao diagrama (ou grafo) de realidade e desejo, qual das alternativas abaixo NÃO corresponde a uma de suas propriedades:

1. Cada ciclo composto por duas arestas corresponde a um não-breakpoint.
2. Em cada vértice incidem exatamente duas arestas, uma real e uma desejada.
3. O número máximo de componentes do grafo é (n + 1), onde n é o número de blocos do genoma que se deseja rearranjar.
4. Os componentes conexos do grafo correspondem a ciclos de arestas alternantes entre reais e desejadas.
5. NDA

Autor(a): Fabio L. Usberti

076-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 076
Enunciado:
Dada a pertumação (-2,+1,+3,-4). Qual dos diagramas abaixo representa o "diagrama realidade desejo" da permutação apresentada com a de identidade?

1. 
2. 
3. 
4. 
5. NDA

Autor(a): Maria Angélica Lopes de Souza

075-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 075
Enunciado:
Considere o problema de ordenação por reversões. Quantos breakpoints tem a permutação (-1, +2, -4, -3, +5) em relação à identidade?

1. 2
2. 3
3. 4
4. 5
5. NDA

Autor(a): João Paulo Pereira Zanetti

049-2007

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 049
Enunciado:
Dada a permutação orientada abaixo, quantos ciclos podem ser encontradas nela?

        -5        +2        -3         +6        -4         +1       

1. 1
2. 2
3. 3
4. 4
5. NDA

Autor(a): Daniel M. Ivasse