065-2008

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 065
Enunciado:
Qual dos passos abaixo NÃO faz parte do algoritmo de montagem do software CAP3 ?

1. O sistema define se a comparação para detectar overlaps será feita com alinhamentos globais ou semi-globais
2. Falsos overlaps são identificados e removidos
3. Cálculo dos overlaps
4. Limpeza de pontas
5. NDA

Ideia original de: Filipe Benevides Netto

064-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 064
Enunciado:
Sobre o algoritmo de montagem de DNA utilizando super-caminhos de Euler podemos afirmar que:

1. ele é mais eficiente porque diminui consideravelmente o numero de reads.
2. para lidar com repeats ele tenta mascará-los, montando um grafo onde eles não apareçam
3. o número de contigs aumenta quando se compara a algoritmos de montagem clássicos como o da Celera
4. na montagem de seu grafo, ele usa muito mais reads, mas diminui o número de contigs ao final
5. NDA

Autor(a): Danilo Brandão Gonçalves

063-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 063
Enunciado: Considere a seqüência S=GACTCGACGA de tamanho n = 10. O grafo de Bruijn (da forma definida no artigo "An Eulerian path approach to DNA fragment assembly" de P. Pevzner, H. Tang, e M. S. Waterman, 2001), considerando tuplas de tamanho l = 4, pode ser representado por qual das alternativas abaixo? DICA: Veja quais são as diferenças entre as figuras e vá eliminando as incorretas.

1. 
   
2. 
   
3. 
   
4. 
   
5. NDA

Autor(a): Fabio L. Usberti

062-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 062
Enunciado:
Assinale a afirmativa verdadeira sobre o CAP3:

1. Não utiliza valores de qualidade das bases.
2. Utiliza apenas alinhamento local.
3. Seu desempenho foi pior que Phrap no estudo comparativo utilizando BACs publicado por Huang e colegas em 1999.
4. Possui três etapas principais: (i) cortes de pontas 3' e 5' de baixa qualidade e identificação de sobreposições, removendo as falsas (ii) formação de contigs usando restrições foward-reverse (iii) alinhamento múltiplo e formação da seqüência consenso.
5. NDA

Autor(a): Maria Angélica Lopes de Souza

061-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 061
Enunciado:
Quando é realizado o consenso nos programas CAP3 e EULER?

1. No fim, em ambos.
2. No início, em ambos.
3. No fim do CAP3 e no início do EULER.
4. No CAP3, o consenso é realizado no início e, no EULER, não existe uma fase de consenso.
5. NDA

Autor(a): João Paulo Pereira Zanetti

060-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 060
Enunciado:
Qual dos problemas abaixo NÃO é NP-difícil?

1. Inferência de Haplótipos por Pura Parcimonia
2. Inferência de Haplótipos por Resolução Máxima
3. Inferência de Haplótipos por Filogenia Perfeita
4. Programação Linear Inteira
5. NDA

Autor(a): Priscila do Nascimento Biller

059-2008

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 059
Enunciado:
Com relação à modelagem de árvores evolucionárias e ao conceito de matriz de distância ultramétrica, assinale a alternativa que melhor preenche a seguinte matriz para que fique ultramétrica:

	a	b	c	d	e
a	0	2	[A]	1	1
b	-	0	2	[B]	2
c	-	-	0	1	1
d	-	-	-	0	[C]
e	-	-	-	-	0

1. A=1 ; B=1 ; C=2
2. A=1 ; B=2 ; C=1
3. A=2 ; B=1 ; C=2
4. A=2 ; B=3 ; C=1
5. NDA

Autor(a): Tiago Takamoto