072-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 072
Enunciado:
Sobre os artigos "Assembly Reconciliation" de Zimin e colegas (2008) e "Beware of mis-assembled genomes" de Salzberg e Yorke (2005), quais das afirmativas abaixo são falsas:
I- O Algoritmo "Assembly Reconciliation" utiliza leituras (reads) casadas.
II- Em "Beware of mis-assembled genomes" o autor afirma que todos os genomas disponibilizados no GenBank são confiáveis.
III- O processo usado no "Assembly Reconciliation" é simétrico para as montagens de referência e suplementar.

1. I e II.
2. I e III.
3. II.
4. II e III.
5. NDA

Autor(a): Maria Angélica Lopes de Souza

071-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 071
Enunciado:
Com relação à ordenação de sequências por transposição, assinale a alternativa que representa o número de ciclos e suas características do grafo de ciclos apresentado abaixo:

1. Temos um 2-ciclo e um 4-ciclo
2. Temos um 2-ciclo e um 5-ciclo
3. Temos um 3-ciclo e um 4-ciclo
4. Temos um 7-ciclo
5. NDA

Autor(a): Tiago Takamoto

070-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 070
Enunciado:
Os números de breakpoints nas sequências {1, 2, 3, 5, 4} e {2, 1, 3, 4, 5, 7, 6, 8} são, respectivamente:

1. 2 e 2
2. 2 e 6
3. 3 e 2
4. 3 e 6
5. NDA

Autor(a): Bruno Conti Marini

069-2008

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 069

Enunciado:
Considere a seqüência genômica acima, composta por duas subseqüências iguais (repeats). Uma certa montagem incorreta dessa seqüência resultou em uma compressão. Qual das montagens abaixo melhor se enquadra como sendo composta por uma compressão?

1. 
2. 
3. 
4. 
5. NDA

Ideia original de Fabio L. Usberti

068-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 068
Enunciado:
Quantos breakpoints tem a permutação 512436?

1. 2
2. 3
3. 4
4. 5
5. NDA

Autor(a): João Paulo Pereira Zanetti

067-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 067
Enunciado:
Por que o genoma da bactéria Neisseria meningitidis é interessante para se testar a eficiência de um montador:

1. Por que é um dos mais simples e fáceis de se compreender dos genomas completos
2. Por que é um dos mais difíceis de montar e rico em repeats que já foi completado.
3. Por que é extremamente longo, perto do tamanho do genoma humano.
4. Por que é rico em erros de leitura, e possui muitos reads de baixa qualidade.
5. NDA

Autor(a): Pedro Henrique Del Bianco Hokama

066-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 066
Enunciado:
Sobre os textos "Cap3:A DNA Sequence Assembly Program" e "An Eulerian path approach to DNA fragment assembly" discutidos em aula, consirede as seguintes afirmações:

I - O programa Cap3 utiliza a abordagem "overlap-layout-consensus" baseado na qualidade das bases dos "reads".
II - No segundo texto, a montagem do caminho euleriano é feito a partir da montagem de um grafo de Brujin no qual cada "read" é um vértice e cada "overlap" é uma aresta.
III - O programa Cap3 geralmente produz contigs maiores do que o PHRAP.
IV - Ambos os textos abordam métodos que são capazes de extrair um contig das "chimeric reads".

são CORRETAS as afirmações:

1. somente I.
2. II, III e IV.
3. II e IV.
4. somente III.
5. NDA

Autor(a): Gustavo Waku