058-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 058
Enunciado:
Sobre o início do algoritmo de Clark, é correto dizer:

1. O algortimo resolve, inicialmente, um genótipo aleatório.
2. O algortimo resolve, inicialmente, os genótipos com nenhuma ambiguidade.
3. O algortimo resolve, inicialmente, os genótipos com uma ou mais ambiguidades.
4. O algortimo resolve, inicialmente, os genótipos com nenhuma ou uma ambiguidade.
5. NDA.

Autor(a): Beto Marchesini

057-2008

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 057
Enunciado:


Observe a árvore de distâncias acima e sua matriz correspondente, e em seguida, leia as seguintes afirmações:

I. O valor de X na matriz é igual a 2,5.
II. O valor de Y na matriz é igual a 1,5.
III. A matriz é aditiva.
IV. A matriz é ultramétrica.

São verdadeiras as afirmações:

1. I, II, III, IV.
2. I, III, IV.
3. II, III, IV.
4. I, III.
5. NDA

Autor(a): Fabio L. Usberti

056-2008

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 056
Enunciado:
Sobre inferência de haplótipos, qual a alternativa FALSA?

1. Uma filogenia perfeita só admite uma mutação para cada sítio (locus).
2. Maximizar o número de genótipos resolvidos usando a Regra de Inferência de Clark é NP-Difícil.
3. Para um genótipo com h posições heterozigotas, são possíveis 2^h-1 pares de haplótipos.
4. O critério da Parcimônia Pura para a inferência de haplótipos encontra uma árvore filogenética com um número mínimo de folhas.
5. NDA

Autor(a): João Paulo Pereira Zanetti

055-2008

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 055
Enunciado:
Uma árvore totalmente resolvida é uma árvore sem raiz tal que todo nó tem grau 1 ou 3. Dada uma árvore totalmente resolvida com n nós, quantas possíveis topologias binárias enraizadas podemos derivar dela?

1. 2n - 3
2. n²
3. n³ - 1
4. n!
5. NDA

Autor(a): Priscila N Biller

054-2008

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 054
Enunciado:
O que é homoplasia?

1. Característica perdida por UM ÚNICO descendente.
2. Característica presente em um ancestral e que é passado a TODOS os seus descendentes.
3. Característica compartilhada por dois ou mais espécies que NÃO estava presente no ancestral comum a elas.
4. Característica presente em um ancestral e que passa para apenas UM dos descendentes, e NÃO está presente nos demais.
5. NDA

Autor(a): Pedro Henrique Del Bianco Hokama

053-2008

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 053

Enunciado:
A tabela abaixo especifica 4 espécies e 4 características destas espécies, que podem sofrer alterações de estado 0 -> 1 ou 1-> 0. Identifique a alternativa INCORRETA para as mutações na árvore exibida ao lado da tabela, utilizando o método da parcimônia:

Species Characters 1 2 3 4 Alfa 1 0 0 1 Beta 0 0 1 0 Gamma 1 1 0 0 Delta 1 0 1 1

1. Para a caracteristica 3 são necessárias no mínimo 2 mudanças de estado.
2. Para a caracteristica 4 são necessárias no mínimo 3 mudanças de estado.
3. O número total de mudanças necessárias nesta árvore juntando todas as características é 5.
4. Esta árvore é uma árvore ótima para a tabela em questão.
5. NDA

Autor(a): Tiago Takamoto

052-2008

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 052
Enunciado:
Em relação aos algoritmos de Fitch e de Sankoff para inferir árvores filogenéticas por parcimônia, é correto afirmar que:
I - O algoritmo de Fitch utiliza em seus cálculos uma matriz com os custos entre as mudanças de estado
II - No algoritmo de Fitch, contamos uma alteração de estado a cada união feita.
III - O algorimo de Sankoff não pode ser configurado para considerar transição e transversão diferentemente

1. I, II e III
2. I e III
3. II
4. II e III
5. NDA

Autor(a): Vitor Paulo Villarino Pinto