quarta-feira, 9 de fevereiro de 2011

056-2008

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 056
Enunciado:
Sobre inferência de haplótipos, qual a alternativa FALSA?
  1. Uma filogenia perfeita só admite uma mutação para cada sítio (locus).
  2. Maximizar o número de genótipos resolvidos usando a Regra de Inferência de Clark é NP-Difícil.
  3. Para um genótipo com h posições heterozigotas, são possíveis 2h-1 pares de haplótipos.
  4. O critério da Parcimônia Pura para a inferência de haplótipos encontra uma árvore filogenética com um número mínimo de folhas.
  5. NDA
Autor(a): João Paulo Pereira Zanetti

3 comentários:

  1. Uma filogenia perfeita é admitida em uma matriz binária se, e somente se, para cada par de características Ci e Cj os conjuntos Ai e Aj ou são disjuntos ou um deles contém o outro. Logo podemos dizer que, não havendo intersecção entre os conjuntos, só existirá uma mutação para cada característica. Portanto a opção A é verdadeira.

    O texto Haplotype Inference diz que para maximizar o número de genótipos resolvidos usando a regra de Inferência de Clark utiliza a Inferância de Haplótipos por Resolução Máxima que é NP-Difícil. Portanto a alternativa B também é verdadeira.

    É verdade também que um genótipo com h posições heterozigotas, são possíveis 2^(h-1) pares de haplótipos. Por exemplo: o genótipo 202122 possui 4 posições heterozigotas. Logo, o número de haplótipos possíveis para resolver este problema será 8, que é o número de combinações binárias. Então, a opção C também é verdadeira.

    Já o critério de Parcimônia Pura tem por objetivo encontrar o menor conjunto possível de haplótipos que resolvam um conjunto de genótipos. Utiliza programação linear inteira para maximizar o número de haplótipos resolvidos não sendo verdade que encontra uma árvore filogenética com um número mínimo de folhas, tornando a alternativa D falsa, sendo ela a resposta desta questão.

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  2. Bom comentário, exceto sobre a alternativa A onde você confundiu parcimônia de características x espécias com filogenia de haplótiplos.

    Nota 7,5 (sete e meio).

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