sábado, 12 de fevereiro de 2011

094-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 094
Enunciado:
No problema de rearranjo de genomas sempre há uma operação DCJ (double-cut-and-join) que reduz a diferença entre o número de breakpoints e de ciclos (b - c) em uma unidade, exceto quando o genoma já se encontra ordenado. Outras características deste problema são:

  1. Uma operação DCJ não pode aumentar (b - c).
  2. Uma operação DCJ sempre aumenta o número de ciclos.
  3. Uma operação DCJ sempre diminui o número de breakpoints.
  4. a distância genômica, com relação à operação DCJ, é igual a (b - c).
  5. NDA
Autor(a): Fabio L. Usberti

2 comentários:

  1. a) Falsa. Pelo contrário, uma operação DCJ bem sucedida aumenta o número de ciclos.

    b) Falsa. Uma operação DCJ aumenta o número de ciclos, mas a DCJ contrária não aumenta, por isso, nem sempre uma operação DCJ aumenta o número de ciclos.

    c) Falsa. Não necessariamente uma operação DCJ diminui o número de breakpoints, pode ocorrer operações mal sucedidas que o número de breakpoints não diminuem ou operações que apesar de serem bem sucedidas, o número de breakpoints não diminuem.

    d) Correta. De acordo com o paper "Efficient sorting of genomic permutations by translocation, inversion and block interchange" de Sophia Yancopoulos, Oliver Attie e Richard Friedberg, a distância genômica, com relação à operação DCJ, é computada em tempo linear e é dada pelo número de breakpoints menos o número de ciclos(b - c).

    e) Falsa. Devido a alternativa "d" ser a correta.

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  2. Vamos por alternativa. Antes de mais nada, é bom lembrar que, como a distância está sendo escrita como b-c, o conceito de ciclo exclui os "ciclos" unitários, formados por apenas um par de arestas.

    (a) sim, é falsa, mas seu comentário não está bom. Primeiro, nem sempre é verdade que uma DCJ bem sucedida aumenta o número de ciclos. Segundo, porque não estamos interessaod em ciclos, mas sim na diferença b-c nesta alternativa.

    (b) sim, é falsa. Mas seu comentário não está bom. Você deveria ter dito: "Se uma operação DCJ aumenta o número de ciclos, sua DCJ contrária não aumenta ...". Do jeito que você colocou, parece que sempre aumenta, para depois negar que seja assim. Confunde.

    (c) sim, é falsa, mas seu comentário não está bom. É verdade o que você fala, mas não é convincente. Seria muito melhor ter usado o argumento da contrária: quando uma DCJ aumenta os bp, sua contrária os reduz, daí é falso dizer que todas as DCJ aumentam bp.

    (d) ok.

    (e) ok.

    Sua nota acabará sendo 7 (sete), pelas justificativas falhas nas alternativas (a), (b) e (c).

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