Número: 033
Enunciado:
| 0 | A | G | T | |
|---|---|---|---|---|
| 0 | 0 | -2 | -4 | -6 |
| C | -2 | 0 | X | -4 |
| G | Y | -2 | 1 | -1 |
| T | -6 | -4 | -1 | Z |
Considere a tabela de similaridade global acima, com pesos de match = 1, mismatch = 0 e gap = -2. Indique a opção abaixo que representa os valores corretos de X, Y e Z (respectivamente) da tabela:
- -1; -3; 0.
- -1; -3; 2.
- -2; -4; 0.
- -2; -4; 2.
- NDA
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ResponderExcluirSejam s = CGT e t = AGT.
ResponderExcluirValor X:
O valor X é a similaridade entre os prefixos AG e C das sequências representadas na matriz. O cálculo de X é feito com base no valor à esquerda de X, no valor em cima de X, e no valor imediatamente anterior a X na diagonal principal.
-- Se utilizarmos o alinhamento representado pelo valor -4 (em cima de X), estaremos aumentando em um caracter o prefixo considerado da sequência s. O prefixo da sequência t não se altera. Portanto, para completar o alinhamento dos novos prefixos, devemos acrescentar um espaço ao prefixo de t. Isso implica somar -2 à similaridade imediatamente acima de X. Logo, X = -6.
-- Se utilizarmos o valor imediatamente à esquerda de X, usando argumento análogo ao anterior, somamos -2 à similaridade à esquerda de X. Logo, X = -2.
-- Se partirmos do alinhamento anterior a X na diagonal, teremos que acrescentar um caracter a cada prefixo (de s e de t). Como os dois caracteres são diferentes, somamos 0 à similaridade anterior. Logo, X = -2 + 0, X = -2.
--- Destes 3 valores, escolhemos o máximo. Portanto, X = -2.
Valor Y:
--- O raciocínio é totalmente análogo ao anterior. Como para calcular Y, só podemos partir do valor imediatamente acima, temos que Y = -2 - 2, Y = -4.
Valor Z:
Seguindo o mesmo raciocínio:
-- De cima: Z = -1 - 2 = -3.
-- Da esquerda: Z = -1 -2 = -3.
-- Da diagonal: Z = 1 + 1 = 2. (Os carateres são iguais.)
--- Portanto, Z = 2.
Logo, a alternativa correta é a alternativa b.
Ok, Kaio, mas não gostei de você ter usado a mesma letra com valores diferentes. Isto confunde o leitor. Ou seja, se ele vê X=-6 e depois X=-2, pouco adianta você explicar que está pegando o máximo entre os dois e no final temos X=-2. A confusão já está formada na cabeça do leitor.
ResponderExcluirSeria melhor usar X_1, X_2, X_3 para os valores intermediários, e no fim fazer X = max(X_1,X_2,X_3). Aí sim ficaria bom.
Mesma coisa para Y e Z. Nota 9.