027-2011

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 027

Enunciado: Considerando a composição de permutações abaixo, qual é a alternativa correta:

(4 2 5 1 3 6 8 7) (4 5 6 7 8) (7 6 5 4 3 2 1 8) (1 2 3)

a) O resultado é formado por um 2-ciclo e um 4-ciclo disjuntos.

b) O resultado é um 4-ciclo.

c) O resultado é formado por dois 4-ciclos disjuntos.

d) O resultado é um 6-ciclo.

e) NDA

026-2011

  MO640 - Questão para a prova oral

Número: 026

Enunciado: Quantos pares orientados possui o seguinte genoma?

(0 -5 -6 -1 -3 -2 4 7)

1. 0
2. 2
3. 4
4. 8
5. NDA

025-2011

MO640 - Questão para prova oral

Número: 025
Enunciado:
Sobre permutações, selecione a afirmativa incorreta.

1. Seja α = (a b c) e seja β uma permutação tal que a, b, c estão distribuídos em dois ciclos de β. O número total de ciclos em αβ será menor que o número de ciclos de β.
2. Sejam α = (a b) e β uma permutação qualquer. Se a e b estiverem no mesmo ciclo da decomposição em ciclos de β, então na decomposição em ciclos do produto αβ este ciclo estará quebrado em dois.
3. Sejam α = (a b) e β uma permutação qualquer. Suponha que a e b encontram-se em ciclos separados da decomposição em ciclos de β. Estes ciclos tornar-se-ão um só na decomposição em ciclos de αβ.
4. Dada uma permutação α, para se obter a sua inversa, α^-1, basta inverter cada ciclo da decomposição em ciclos de α.
5. NDA

024-2011

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 024-2011
Enunciado:
Assinale a alternativa INCORRETA.

1. Cada componente de um diagrama realidade-desejo equivale a um componente conexo no interleave graph correspondente.
2. Em um diagrama realidade-desejo, um componente A separa dois outros componentes B e C se todas as cordas entre algum terminal em B e algum terminal em C cortam alguma aresta desejo de A.
3. Um componente bom é um componente que contém um ciclo bom. Um ciclo bom é tal que possui pelo menos um par de arestas divergentes.
4. Um obstáculo é um componente ruim que não separa nenhum par de componentes.
5. NDA

Ideia original de: Kaio Karam

023-2011

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 023-2011

Enunciado:

Dada a permutação α =(-5,+3,-1,+4,-2), qual dos Reality and Desire Diagrams abaixo melhor representa RD(α)?

a.

b.

c.

d.

e. NDA

Ideia original de: Alexandre de Queiroz

022-2011

MO640 - Biologia Computacional

Número: 022-2011

Enunciado: Qual alternativa sobre troca de blocos abaixo é INCORRETA?

A) Uma troca de blocos é uma operação de rearranjo de genomas na qual dois blocos quaisquer do genoma trocam de posição, saindo de sua posição original e ficando um na posição antes ocupada pelo outro.

B) É impossível aumentar o número de ciclos alternados de uma permutação em mais de 2 unidades com uma única troca de blocos.

C) Sempre é possível encontrar uma troca de blocos em um genoma que remove ao menos dois breakpoints de uma dada permutação P, a menos que P seja a permutação identidade.

D) É conhecido um algoritmo polinomial para calcular a quantidade mínima de trocas de bloco para ordenar um genoma, e ele possui complexidade O(n²).

E) NDA.

Ideia original de: Michel S. Fornaciali

021-2011

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 021-2011

Enunciado:

De acordo com o artigo de Anne Bergeron, A Very Elementary Presentation of Hannenhalli-Pevzner Theory, 2005, qual das alternativas abaixo NÃO apresenta o resultado de uma reversão que minimiza o score resultante quando aplicada a p = (1 -5 2 6 4 -3 -8 7)?

1. (1 -2 5 6 4 -3 -8 7)
2. (1 -5 2 6 4 -3 -8 -7)
3. (1 -5 -4 -6 -2 -3 -8 7)
4. (1 -5 2 3 -4 -6 -8 7)
5. NDA

Ideia original de: Adriano Batista Prieto

020-2011

MO640 - Biologia Computacional

Qual é a alternativa FALSA:

a) Para o problema de distância de transposição de prefixo, é possivel determinar quando uma permutação pode ser ordenada usando exatamente o número de operações indicado pela lower bound de breakpoints.

b) Dados dois genomas circulares, há um algortimo linear que determina uma série de fusões, fissões e transposições, de peso mínimo, que transforma um genoma no outro, quando o peso da transposição é 2 e o peso das duas outras operações é 1.

c) A distância de transposição entre uma permutação de tamanho n ≥ 2 e a permutação que representa a sua inversa é exatamente [n/2]+1.

d) Existem algoritmos de aproximação com fator 3/2 para o problema de ordenação por transposição.

e) NDA.

019-2011

MO640 - Questão para a Prova Oral

Enunciado:

Dadas as sequências {A,B,C,D,E}, {E,D,C,B,A} e {D,E,C,B,A}, sendo que A=5, B=4, C=3, D=2 e E=1, quais os números de breakpoints, respectivamente, em relação a {1,2,3,4,5}?

a. 5, 0 e 2

b. 5, 1 e 4

c. 6, 1 e 3

d. 6, 0 e 3

e. NDA

 

018-2011

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 018

Enunciado:
Seja um vetor ambíguo A = 0120021122 e um vetor R = 0110011101 que resolve A e gera um novo vetor resolvido NR. Qual das alternativas abaixo apresenta o número de soluções possíveis para A e o próprio vetor NR?

1. 08; NR = 0110011101.
2. 08; NR = 0100001110.
3. 16; NR = 0100001110.
4. 16; NR = 0100011100.
5. NDA

Ideia original de: Adriano Batista Prieto

017-2011

MO640 - Quetsão para a prova oral

Número: 017
Enunciado:
Considere o seguinte conjunto de genótipos:

02112, 20121 e 22120.

Qual das alternativas abaixo melhor resolve o problema da inferência de haplótipos destes genótipos, respeitando o critério de parcimônia pura?

1. (00111, 01110), (00111, 10101), (01110, 10100)
2. (00111, 01110), (00111, 10101), (01100, 10110)
3. (00111, 01110), (10101, 00111), (10101, 01110)
4. (00110, 01111), (10111, 00101), (00110, 11100)
5. NDA

Ideia original de: Kaio Karam

016-2011

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 016-2011
Enunciado:

Qual é a melhor filogenia para a seguinte matriz de estados de características?

	Características
Indivíduo	c1	c2	c3	c4	c5	c6
A	0	0	0	1	1	0
B	1	1	0	0	0	0
C	0	0	0	1	1	1
D	1	0	1	0	0	0
E	0	0	0	1	0	0

(Considere que as arestas nomeadas significam que a característica citada mudou de estado)

1. 
   

   ---

2. 
   

   ---

3. 
   

   ---

4. 
   

   ---

5. NDA

Ideia original de: Felipe Holanda

015-2011

MO640 - Questão para a Prova Oral

Enunciado:

A métrica N50 é uma medida utilizada para comparar montadores de sequências. As alternativas abaixo apresentam valores de N50 para diversas coleções de contigs, dados pelos seus tamanhos. Qual a alternativa correta?

a. 9 é o N50 de {1, 2, 3, 3, 5, 6, 7, 7, 8, 9, 10, 12, 15}

b. 10 é o N50 de {1, 2, 3, 5, 7, 8, 10, 10, 10, 12, 15, 15, 16}

c. 8 é o N50 de {15, 12, 10, 9, 8, 7, 7, 6, 5, 3, 3, 2, 1}

d. 12 é o N50 de {15, 12, 10, 9, 8, 7, 7, 6, 5, 3, 3, 2, 1}

e. NDA

 
Ideia original de: Wilson Vendramel

014-2011

MO640 - Questão para prova oral

Número: 014-2011

Enunciado: Considere a execução algoritmo guloso para encontrar caminhos hamiltonianos em grafos de sobreposição, apresentada do livro de Setúbal e Meidanis, no seguinte caso:

(Arestas de custo 0 omitidas)

Escolha a alternativa correta:

1. O algoritmo gerará a montagem ATGCAT.
2. O algoritmo, nesse caso, falhará em gerar a melhor montagem.
3. O algoritmo, nesse caso, gerará a melhor montagem: TGCATGCC.
4. O algoritmo garante gerar a melhor montagem na ausência de repeats.
5. NDA

Ideia original de: Felipe Holanda

013-2011

MO640 - Questão para a Prova Oral

Enunciado:
Sobre algumas das propriedades das duas abordagens para comparação de sequências (Similaridade e Distância), assinale a alternativa correta.

1. Similaridade possui desigualdade triangular e comparação local enquanto que a Distância não possui desigualdade triangular e a comparação tem que ser global.
2. Similaridade não possui desigualdade triangular nem comparação local enquanto que a Distância possui desigualdade triangular e a comparação tem que ser global.
3. Similaridade possui desigualdade triangular e comparação global enquanto que a Distância também possui desigualdade triangular e a comparação tem que ser local.
4. Similaridade não possui desigualdade triangular, mas possui comparação local enquanto que a Distância possui desigualdade triangular, mas a comparação tem que ser global.
5. NDA

Ideia original de Wilson Vendramel

012-2011

MO640 - Biologia Computacional - Questão Oral

Número: 012
Enunciado:

Considere as seguintes afirmações sobre a busca em bancos de dados:

1. Uma matriz 1-PAM denota as probabilidades de substituição de sequências que sofreram 1 unidade de evolução, ou seja que mudaram exatamente 1 aminoácido.
2. Matrizes PAM são utilizadas pelo BLAST para realizar comparações de DNA.
3. No método FAST, o parâmetro ktup influencia na sensibilidade (capacidade de encontrar sequências similares) e na seletividade (capacidade de descartar falsos positivos) do algoritmo. Um alto ktup aumenta a sensibilidade e um baixo ktup aumenta a seletividade.

1. São corretas apenas I e II.
2. São corretas apenas II e III.
3. Apenas I é correta.
4. Apenas II é correta.
5. NDA

Ideia original de: Felipe Holanda

011-2011

MO640 - Biologia Computacional - Questão Oral

Número: 011

Enunciado:

Existem diversas ferramentas e técnicas para a busca de sequências em bases de dados. Escolha a afirmação incorreta dentre os itens a seguir:

1. Em uma tal busca, uma sequência deve ser comparada com todas as sequências já existentes na base. Dada a complexidade quadrática dos métodos comuns, isto torna impraticável usá-los nas buscas em bases de dados muito grandes. Pensando nisto, novos métodos foram desenvolvidos para pesquisa nestas bases de dados, como por exemplo o "Basic Local Alignment Search Tool".
2. Para construir-se uma matriz PAM adequada à comparação de sequências distantes uma unidade de evolução, precisa-se de: (i) uma lista de mutações aceitas e (ii) as probabilidades de ocorrência de cada aminoácido.
3. Todas as matrizes PAM para distâncias diferentes de uma unidade de evolução entre proteínas são construídas a partir da matriz 1-PAM.
4. O método BLAST retorna uma lista de pares de segmentos de pontuação alta resultantes da comparação entre a sequência de busca e as sequências presentes na base de dados.
5. NDA

  Ideia original de: Kaio Karam

010-2011

MO640 - Questão para a Prova Oral

Enunciado:

Considere as seguintes sequências: s= AACT e t=GAGG. Se for aplicado algoritmo básico de alinhamento global para estas sequências com pesos de match = 1, mismatch = -1 e gap = -2, quais seriam os valores da última linha e da última coluna da matriz?

a. linha: -8,-7,-3,-2,-1 ; coluna: -8,-5,-4,-3,-2

b. linha: -8,-7,-3,-2,-1 ; coluna: -8,-5,-3,-2,-1

c. linha: -8,-7,-4,-3,-2 ; coluna: -8,-5,-4,-3,-2

d. linha: -8,-7,-4,-3,-1 ; coluna: -8,-5,-3,-2,-1

e. NDA

 
Ideia original de: Wilson Vendramel

009-2011

Escolha a alternativa que indica a similaridade correta entre as seguintes sequências.  Considere similaridades calculadas por dois tipos de algoritmo: o de comparação global e o de comparação local.

 

ATGATTACATCGTA

ACTACGATTACACA

(Use: match = +1 ; mismatch = -1 ; gap = -2;)

1. A similaridade Local é 2
2. A similaridade Local é 7
3. A similaridade Global é 2
4. A similaridade Global é 7
5. NDA

Ideia original de: Felipe Holanda

008-2011

MO640 - Questão para a prova oral

Enunciado:
Sobre uma das inovações do algoritmo apresentado em “Building PQR trees in almost-linear time”, publicado em 2005 por Telles e Meidanis, podemos afirmar que:

1. Substitui o processo de comparação de padrões das árvores PQ por um algoritmo mais simples, que depende apenas dos tipos de nós cinza e do LCA (Least Common Ancestor)
2. Separa o problema da construção das árvores PQR em duas partes distintas, representadas pelos algoritmos BUBBLE e REDUCE.
3. Faz uma adaptação da técnica de divisão e conquista para dividir a árvore inicial em subárvores menores
4. Utiliza um algoritmo de hash para reduzir a quantidade de informações relacionadas aos nós brancos
5. NDA

Ideia original de: Adriano Batista Prieto

007-2011

MO640 - Questão para a prova oral

Enunciado:

Dada a seguinte árvore PQ: T = q1(A, p1(B,C), q2(p2(D,E), p3(F,G), q3(H,I,J))), sendo que as letras A,B,C,D,E,F,G,H,I,J representam as folhas da árvore, p representa um nó-P e q representa um nó-Q, é correto afirmar que:

a. NORM(T) = 9 e FRONTIER(T) = FGDEJIHBCA é possível.

b. NORM(T) = 10 e FRONTIER(T) = JIHDEFGBCA é possível.

c. NORM(T) = 10 e FRONTIER(T) = HIJFGDEBCA é possível.

d. NORM(T) = 9 e FRONTIER(T) = JIHFGDEABC é possível.

e. NDA

 

Ideia original de: Wilson Vendramel

006-2011

MO640 - Questão para a prova oral

 

Enunciado:

Considere as seguintes afirmações sobre árvores PQ e PQR:

 I – Podemos dizer que árvores PQ são especializações de árvores PQR e que estas são generalizações de árvores PQ.

II – A interseção do conjunto C-Completude com o conjunto C-ortogonal representa o conjunto de nós da árvore PQR.

III – Dentre as vantagens do uso do algoritmo PQR ao invés do PQ, podemos destacar que o primeiro é mais simples, além de sempre gerar uma árvore resultante. Ou seja, caso a árvore PQ exista, ela será gerada. Caso não exista, será gerada uma árvore PQR onde é possível detectar as restrições que impedem a propriedade dos uns consecutivos.

IV – Dada uma restrição numa árvore PQ, as folhas que não estão presentes na restrição são classificadas como nós CHEIOS, e as folhas que estão na restrição são classificadas como nós VAZIOS.

É correto afirmar que:

1-      Todas as afirmações são verdadeiras.

2-      Todas as afirmações são falsas.

3-      As alternativas II e IV são falsas.

4-      Apenas a alternativa IV é falsa.

5-      NDA.

Ideia original de: Michel S. Fornaciali

005-2011

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 005-2011

Enunciado:
Qual das alternativas abaixo corresponde ao objetivo do trabalho ON THE TOPOLOGY OF THE GENETIC FINE STRUCTURE, publicado por Seymour Benzer em 1959?

1. Examinar a topologia de uma estrutura específica do vírus T4 que controla sua habilidade de se multiplicar em uma bactéria K. Além disso, e especificamente, fazer um teste rigoroso da noção de que essa estrutura é linear.
2. Contradizer a ideia de que toda estrutura linear pode ser representada através de uma matriz de zeros e uns, onde os indivíduos foram classificados de acordo com a ordem do dicionário.
3. Estudar o mecanismo de mutação espontânea do vírus T4, especificamente na região rII.
4. Calcular a probabilidade de recombinação entre vírus T4.
5. NDA

Ideia original de: Adriano Batista Prieto

004-2011

Sobre o experimento descrito no artigo "On the topology of the genetic fine structure", de Seymour Benzer, qual das seguintes afirmações é INCORRETA?

1. Bacteriófagos T4 do tipo padrão ocasionalmente evoluem para mutantes to tipo rII. Tais mutantes desenvolvem-se normalmente em células B, mas não em células K.
2. Benzer supõe que os elementos alterados no material genético de um mutante rII são contíguos, ou seja, não ocorrem elementos inalterados entre duas porções de elementos alterados.
3. A matriz de recombinação de uma estrutura genética linear sempre pode ser rearranjada de forma que os indivíduos mutantes sejam listados em ordem de dicionário (em relação aos elementos alterados).
4. O mutante rII não possui a habilidade de multiplicar-se em células K. A estrutura genética que controla tal habilidade é constituída de apenas um elemento alterável.
5. NDA

Ideia original de: Kaio Karam

003-2011

MO640 - Questão para a prova oral

Enunciado:

Todos os 20 aminoácidos possuem a mesma estrutura, mas seus grupos de cadeia lateral (ou grupo R) podem variar em tamanho, forma, carga, hidrofobicidade e reatividade. Qual alternativa apresenta aminoácidos que são bases orgânicas e têm cadeia lateral hidrofílica?

1. Cisteína, Metionina
2. Arginina, Lisina, Histidina
3. Serina, Treonina, Tirosina
4. Glicina, Alanina, Valina, Leucina, Isoleucina
5. NDA

Ideia original de: Wilson Vendramel

002-2011

Qual das seguintes afirmações NÃO é correta?

1. Bacteriófagos são vírus que infectam bactérias, causando ou não o rompimento (morte) da célula hospedeira, e utilizados como vetores de clonagem para inserir fragmentos de DNA em suas "vítimas".
2. Plasmídeos são moléculas circulares de DNA, presentes em bactérias, que reproduzem-se independentemente do DNA cromossômico.
3. Moléculas de DNA possuem carga elétrica positiva e, portanto, movem-se quando submetidas a tensão elétrica.
4. A eletroforese é um técnica utilizada para separação de moléculas de DNA com base no seu tamanho.
5. NDA

Ideia original de: Kaio Karam

001-2011

Considere as seguintes afirmações sobre Biotecnologia:

I – Engenharia Genética é a técnica de manipulação de material genético.

II – Íntrons são segmentos de DNA que codificam proteínas.

III – Plasmídeos são moléculas circulares de DNA duplo que se reproduzem em bactérias, porém sem romper a célula hospedeira.

IV – Bacteriófagos são vírus que infectam bactérias para se multiplicar. Possuem dois tipos de reprodução: o ciclo lítico (que causa a morte da bactéria) e o ciclo lisogênico (no qual o material genético do vírus é incorporado ao material genético da bactéria, sem causar a interrupção das atividades normais da célula hospedeira).

É correto afirmar que:

1-      Todas as afirmações são verdadeiras.

2-      Todas as afirmações são falsas.

3-      Apenas a alternativa II é falsa.

4-      As alternativas II e IV são falsas.

5-      NDA.

Ideia original de: Michel S. Fornaciali

120-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 120
Enunciado:
No último passo do algoritmo quase-linear para adição de uma nova restrição a uma árvore PQR, quais são os nós que precisarão ser descoloridos?

1. Todos os nós P pretos da árvore
2. Todos os nós P cinzas da árvore
3. Todos os nós pretos da árvore
4. Todos os nós cinzas da árvore
5. NDA

Autor(a): Priscila do Nascimento Biller

119-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 119
Enunciado:
No artigo "Building PQR Trees in Almost Linear Time", de Telles e Meidanis, temos a descrição de um algoritmo para adicinar uma restricao S a uma arvore PQR T em cinco passos. O segundo passo se refere a coloração dos nós internos de T e a determinacao do ancestral comum mais recente das folhas de S. Sobre essa coloração, considere as afirmações a seguir:

I - Um nó é colorido com "cinza" quando sua intersecção com S é nula.
II - Um nó é colorido com "preto" se for ortogonal ao conjunto S.
III - Se o conjunto S estiver contido em um nó, então o nó deverá ser colorido com "branco".

Quais delas estão corretas?

1. I
2. III
3. II, III
4. I, II
5. NDA

Autor(a): Bruno Conti Marini

118-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 118
Enunciado:
Com relação aos conceitos de nós pretos, cinzas e brancos do artigo "Building PQR Trees in Almost-Linear Time" [Meidanis e Telles, 2007] e a árvore descrita abaixo onde as folhas coloridas de preto são os elementos que estão contidos nas restrições em análise, assinale a alternativa que corresponde à caracterização dos nós A, B e C:

1. A = Cinza; B = Branco; C = Branco;
2. A = Cinza; B = Cinza; C = Branco;
3. A = Cinza; B = Cinza; C = Cinza;
4. A = Preto; B = Cinza; C = Preto;
5. NDA

Autor(a): Tiago Takamoto

117-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 117
Enunciado:
No algoritmo quase-linear de construção de uma árvore PQR, qual tipo de operação domina o número de operações durante o passo de reestruturar a árvore?

1. Destruir nós.
2. Mover nós.
3. Criar nós.
4. Reverter nós.
5. NDA

Autor(a): João Paulo Pereira Zanetti

116-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 116
Enunciado:
Sobre o artigo "Building PQR Trees in Almost-Linear Time" [Meidanis e Telles, 2007], qual(is) das afirmações abaixo é (são) verdadeiras.

I- O algoritmo apresentado é offline.

II- O algoritmo incia com uma árvore universal, na qual todas as folhas são filhas de um mesmo nó P.

III- Todos os nós brancos devem ser eliminados durante a execução do algoritmo.

IV- Os conjuntos de filhos dos nós Q e R são implementados como estruturas "union-find", o que garante complexidade de tempo quase linear ao algoritmo.

1. III, apenas.
2. II e IV.
3. II, e III.
4. I, II e IV.
5. NDA

Autor(a): Maria Angélica Lopes de Souza

115-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 115

Enunciado: Considere a sub-árvore PQR à esquerda, com os nós coloridos em preto, cinza e branco da maneira descrita no artigo Building PQR Trees in Almost-Linear Time (Telles & Meidanis, 2007). Seja o nó r o mínimo ancestral comum (LCA - least common ancestor) e seja o nó v um nó cinza que se deseja eliminar. Verifique qual das sub-árvores abaixo melhor representa o processo "transformar nó P em nó Q" ("transform P node into Q node"):

1. 
   
   
2. 
   
   
3. 
   
   
4. 
   
   
5. NDA

Autor(a): Fabio L. Usberti

114-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 114
Enunciado:
Sendo C = { abcd, bcdef, afghijk, bcdgh, ghijk }, escolha a alternativa que contem todos os conjuntos de gêmeos desta coleção:

1. abc, gh, ijk.
2. bcd, ef, hij.
3. bcd, gh, ghi.
4. bcd, gh, ijk.
5. NDA

Autor(a): Victor de Abreu Iizuka

113-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 113
Enunciado:
Seja U um conjunto de objetos e C uma coleção de subconjuntos de U. O grafo de sobreposição (overlapping graph) utilizado no artigo "On the consecutive ones property" (Meidanis et al., 1998), é definido de tal forma que seus vértices são _______________ e suas arestas incidem em dois vértices quando estes são ________________. Selecione a aternativa abaixo que melhor preenche as lacunas do texto respectivamente:

1. elementos de U; elementos consecutivos para a coleção C.
2. elementos de U; elementos não-consecutivos para a coleção C.
3. conjuntos da coleção C; dois conjuntos tal que sua união gera o conjunto U.
4. conjuntos da coleção C; dois conjuntos com interseção não-vazia e nenhum contido no outro.
5. NDA

Autor(a): Fabio L. Usberti

112-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 112
Sobre o texto "On the consecutive ones property", de Meidanis, Porto e Telles, 1998, e o algoritmo de montagem de árvores PQR proposto, considere as seguintes afirmações:

I - o algoritmo é um método ONLINE.
II - o algoritmo tem complexidade de tempo quadrática.
III - o algoritmo sempre consegue montar uma árvore PQR dado um conjunto universo e uma coleção (subconjuntos do universo).

São corretas as afirmações:

1. somente I.
2. somente II.
3. somente III.
4. somente II e III.
5. NDA

Autor(a): Gustavo Waku

111-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 111
Enunciado:
Com relação ao algoritmo de Coarsest Partition (Partição mais grossa), assinale a alternativa INCORRETA:

1. Um conjunto cujos elementos todos fazem parte da restrição em análise não sofrerá partição.
2. O primeiro passo do algoritmo é marcar cada elemento do conjunto de acordo com as restrições a que ele pertence.
3. O algoritmo é usado no contexto de árvores PQR para encontrar todos os conjuntos de gêmeos entre as restrições em análise.
4. O algoritmo pode utilizar listas ligadas para permitir que a partição dos conjuntos a cada restrição seja executada em tempo linear no tamanho da restrição.
5. NDA

Autor(a): Tiago Takamoto

110-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 110
Enunciado:
Com relação aos conceitos de árvore PQR, assinale a alternativa que contenha TODAS as sentenças que são VERDADEIRAS:

I. Dois conjuntos são ortogonais quando não apresentam sobreposição estrita.
II. A presença de um nó R numa árvore PQR significa que a matriz de entrada não tem a propriedade de Uns Consecutivos.
III. O número mínimo de filhos de um nó R é igual ao número mínimo de filhos de um nó Q.

1. I
2. I e II
3. I e III
4. I e II e III
5. NDA

Autor(a): Tiago Takamoto

109-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 109
Sobre o texto de K. S. Booth and G. S. Lueker, "Testing for the consecutive ones property, interval graphs, and graph planarity using PQ-tree algorithms", considere as seguintes afirmações:

I - A implementação que manipula as árvores PQ discutida no artigo basicamente se divide em dois algoritmos, BUBBLE e REDUCE, onde cada um destes percorre a árvore PQ duas vezes.
II - O algoritmo REDUCE realiza a redução em uma subárvore podada de T em relação a S. ( T = árvore PQ original, S = subconjunto de U, U = conjunto universo).
III - O número de nós com ponteiros para os pais é reduzido, porque o esforço para manutenção dos ponteiros corretos geraria um trabalho pribitivo caso um nó interno que tivesse um grande número de filhos vazios fosse apagado.
IV - Se a árvore só possuir nós tipo P, em cada nó, o número de FILHOS pertinentes será sempre igual ao número de FOLHAS pertinentes.

São corretas as afirmações:

1. somente I.
2. somente II.
3. somente II e III.
4. somente IV.
5. NDA

Autor(a): Gustavo Waku

108-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 108
Enunciado:
Das afirmações abaixo, quais são verdadeiras sobre o algoritmo para a construção de árvores PQ de Booth e Lueker [1976]:
I- O algoritmo possui duas passagens, a primeira para identificação dos nós a serem processados e a segunda para aplicação de reduções.
II- Todos filhos de nós Q tem ponteiros para os pais.
III- A complexidade linear é confirmada por uma análise amortizada.

1. I e II.
2. I e III.
3. II.
4. III.
5. NDA

Autor(a): Maria Angélica Lopes de Souza

107-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 107
Enunciado:
Dado um conjunto U = {A, B, C, D} qual conjunto de restrições abaixo inviabilizaria a construção de uma PQ-Tree, conforme descrito em [1]?

[1] Booth and Lueker, Testing for the Consecutive Ones Property, Interval Graph, and Planarity Using PQ-Tree Algorithms, 1976.

1. {A, B}, {B, C}, {C, D}
2. {A, C}, {B, D}
3. {A, C}, {A, D}, {C, D}
4. {A, C}, {A, D}, {B, D}
5. NDA

Autor(a): Pedro Henrique Del Bianco Hokama

106-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 106

Enunciado:

Qual das permutações abaixo é consistente com a árvore-PQ acima?

1. ACDEGFB
2. BFDECGA
3. DEFGABC
4. GFEDBCA
5. NDA

Autor(a): Fabio L. Usberti

105-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 105
Enunciado:
Em uma PQ-tree, com relação a uma nova restrição, qual das afirmações abaixo é verdadeira?

1. Se um nó é parcial, então nenhum dos seus nós descendentes é cheio
2. Se um nó é parcial, então nenhum dos seus nós descendentes é pertinente
3. Se um nó possui algum dos seus nós descendentes vazio, então ele só pode ser um nó vazio
4. Se um nó possui algum dos seus nós descendentes cheio, então ele só pode ser um nó pertinente
5. NDA

Autor(a): Priscila do Nascimento Biller

104-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 104
Enunciado:
Dadas as afirmações abaixo, quais são verdadeiras sobre árvores PQ sobre um conjunto U:
I- Transformações de equilalência permitidas são permutações de filhos em nós P e inversão da ordem dos filhos em nós Q.
II- Em uma árvore PQ própria existem elementos do conjunto universal U que podem ser omitidos.
III- Com relação a uma nova restrição S, um nó é cheio se todas as folhas descendentes estão em S e vazio se nem todas estão.

1. I, II e III.
2. I e II.
3. Apenas I.
4. Apenas II.
5. NDA

Autor(a): Maria Angélica Lopes de Souza

103-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 103
Enunciado:
Seja T uma árvore PQ própria sobre um conjunto universal U e construída sobre um conjunto de restrições S. Qual a alternativa falsa?

1. Cada restrição em S é um subconjunto de U.
2. Todas as árvores equivalentes a T satisfazem S.
3. A fronteira de T é uma permutação de U que satisfaz S.
4. Para qualquer conjunto de restrições existe uma árvore PQ que as satisfaz.
5. NDA

Autor(a): João Paulo Pereira Zanetti

102-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número:  102
Dado a árvore PQ abaixo, relativo ao conjunto U = { A, B, C, D, E, F}



Quantas árvores equivalentes a ela existem?

1. 192
2. 32
3. 48
4. 96
5. NDA

Autor(a): Gustavo Waku

101-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 101
Enunciado:
Analise a seguinte afirmação:
Numa árvore PQ sobre um conjunto U os elementos de U ocupam _______ da arvore. Cada nó P tem que ter no mínimo __ filhos, cuja ordem pode ser __________________ em transformações de equivalência. Já os nós Q tem que ter no mínimo __ filhos, cuja ordem pode ser __________________ em transformações de equivalência.
A alternativa que melhor preenche as lacunas é:

1. nós, 3, modificada arbitrariamente, 2, invertida.
2. folhas, 3, invertida, 2, modificada arbitrariamente.
3. folhas, 2, modificada arbitrariamente, 3, invertida.
4. nós, 2, invertida, 3, modificada arbitrariamente.
5. NDA.

Autor(a): Danilo Brandão Gonçalves

100-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 100
Enunciado:
Qual das alternativas abaixo é vista como uma desvantagem de usar a distância como critério de linearidade entre estruturas genéticas?

1. A distância leva em conta recombinações e apenas alguns tipos de mutações, como inserções e deleções
2. A distância leva em conta somente as mutações, deixando de lado recombinações
3. A distância leva em conta inserções mas desconsidera deleções
4. A distância nem sempre é estritamente aditiva
5. NDA

Autor(a): Priscila do Nascimento Biller

099-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 099
Enunciado:
Segundo o texto "On the topology of the genetic fine structure" discutido em aula, consirede as seguintes afirmações:

I - O teste de recombinação verifica se dados dois mutantes é possível gerar novamente a estrutura padrão que lhes deu origem.
II - O teste de recombinação é um experimento de cunho essencialmente quantitativo.
III - A matriz de recombinação indica se dois mutantes são capazes de gerar novamente a estrutura linear padrão; e quando ordenada na ordem de dicionário possui a característica de ser simétrica e para qualquer linha ou coluna, partindo da diagonal para a direita ou para baixo, a sequência de zeros forma um bloco contíguo (ininterrupto por "1"s).
IV - Os mutantes escolhidos no artigo para montagem do trabalho, são não-reversíveis e podem ter até duas modificações separadas por um bloco sem modificação.

São CORRETAS as afirmações:

1. somente I e II.
2. somente I e III.
3. somente II e IV.
4. somente II, III e IV.
5. NDA

Autor(a): Gustavo Waku

098-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 098
Enunciado:
No experimento de Benzer sao testados vírus mutantes em várias cepas de bactérias, em particular a cepa K. Imagine um experimento deste tipo onde foram criados 5 vírus mutantes (A, B, C, D e E) a partir de um vírus padrão (que consegue se reproduzir em K). Após realizados alguns experimentos chegou-se às seguintes conclusões:
- A, B, C e D não conseguem se reproduzir em K sozinhos, mas E sim.
- A e C conseguem se reproduzir em K quando misturados
- B e D não conseguem se reproduzir em K mesmo quando misturados
Pode-se dizer então que:

1. E é estável. Não existe sobreposição entre as partes mutadas de A e C. Existe sobreposição entre as partes mutadas de B e D.
2. E é estável. Existe sobreposição entre as partes mutadas de A e C. Não Existe sobreposição entre as partes mutadas de B e D.
3. E é instável. Não existe sobreposição entre as partes mutadas de A e C. Existe sobreposição entre as partes mutadas de B e D.
4. E é instável. Existe sobreposição entre as partes mutadas de A e C. Não existe sobreposição entre as partes mutadas de B e D.
5. NDA

Autor(a): Bruno Conti Marini

097-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 097
Enunciado:
Do artigo "On The Topology of the genetic fine structure" [Benzer, 1959], podemos entender que, no mapeamento genético:

1. mutação e recombinação são necessárias.
2. mutação e recombinação são dispensáveis.
3. mutação é necessária e recombinação nem sempre.
4. mutação nem sempre é necessária, mas recombinação sempre é.
5. NDA

Autor(a): Maria Angélica Lopes de Souza

096-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 096
Enunciado:
Qual das mutações abaixo é mais dificilmente revertida?

1. Deleção.
2. Inserção.
3. Reversão.
4. Mudança em uma base.
5. NDA

Autor(a): João Paulo Pereira Zanetti

095-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 095
Enunciado:
Usando os métodos de Bergeron e colegas quanto à ordenação por translocação, assinale a alterativa que contém o número mínimo de translocações para transformar o genoma A no genoma B:

A = {(1,4,5,2),(3,6,7,8)};
B = {(1,2),(3,4,5,6,7,8)};

Dica: d(A)=n - N - c + t

1. 2
2. 3
3. 4
4. 5
5. NDA

Autor(a): Tiago Takamoto

094-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 094
Enunciado:
No problema de rearranjo de genomas sempre há uma operação DCJ (double-cut-and-join) que reduz a diferença entre o número de breakpoints e de ciclos (b - c) em uma unidade, exceto quando o genoma já se encontra ordenado. Outras características deste problema são:

1. Uma operação DCJ não pode aumentar (b - c).
2. Uma operação DCJ sempre aumenta o número de ciclos.
3. Uma operação DCJ sempre diminui o número de breakpoints.
4. a distância genômica, com relação à operação DCJ, é igual a (b - c).
5. NDA

Autor(a): Fabio L. Usberti

093-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 093
Enunciado:
Dado os genomas: A={(3 2)(1 4 8)(6 7 5)} e B={(1 2)(3 4 5)(6 7 8)} Quais das afirmativas abaixo são FALSAS:
I- Os genomas não são "co-tailed".
II- Exitem dois ciclos pretos para uma concatenação de A.
III- A translocação que gera A1={(3 4 8)(1 2)(6 7 5)}, partindo de A, é interna.

1. I.
2. II.
3. I e II.
4. I, II e III.
5. NDA

Autor(a): Maria Angélica Lopes de Souza

092-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 092
Enunciado:
De acordo com o artigo "On Sorting by Translocations" de Bergeron, Mixtacki e Stoye, a complexidade dos algoritmos para encontrar a distância de translocação e para fazer a ordenação por translocações em genomas de tamanho n é, respectivamente:

1. O(n) e O(n²)
2. O(n) e O(n³)
3. O(n²) e O(n²)
4. O(n²) e O(n³)
5. NDA

Autor(a): Victor de Abreu Iizuka

091-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 091
Enunciado:
Sobre a operação Double-Cut-Join descrita no artigo "Efficient sorting of genomic permutations by translocation, inversion and block interchange" é incorreto afirmar que:

1. Considera diretamente obstáculos (hurdles)
2. Pode diminuir ou aumentar o número de ciclos
3. Pode gerar cromossomos circulares intermediários
4. É uma operação local que opera em quatro vértices inicialmente conectados em pares
5. NDA

Autor(a): Bruno Conti Marini

090-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 090
Enunciado:
Quais dos eventos de evolução a seguir podem ser modelados por uma ou mais aplicações da operação de double-cut-and-join?

I - Translocação
II - Reversão
III - Troca de blocos

1. Somente I e II.
2. Somente I e III.
3. Somente II e III.
4. I, II e III.
5. NDA

Autor(a): João Paulo Pereira Zanetti

089-2008

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 089

Enunciado:
A menor fortaleza possui quantos ciclos?

1. 3
2. 6
3. 9
4. 12
5. NDA

Autor(a): Priscila do Nascimento Biller

088-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 088

Enunciado: Na literatura encontramos a fórmula da distância de reversão: d = n + 1 - c + h + f. Considere o diagrama realidade e desejo ao lado. Qual é o valor da distância de reversão? 10 11 12 13 NDA

Autor(a): Gustavo Waku

087-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 087
Enunciado:
Sobre o algoritmo de Bader, Moret e Yan para o cálculo de distância de reversão de permutações de tamanho n, podemos afirmar que:

1. Seu limitante inferior de tempo é O(n²).
2. Ele executa em O(n) para a maioria dos casos, mas não para todos.
3. Ele calcula a distância e os passos da ordenação em tempo O(n).
4. Ele calcula a distância em complexidade O(n) mas não calcula os passos da ordenação.
5. NDA.

Autor(a): Danilo Brandão Gonçalves

086-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 086
Enunciado:
Encontramos fórmulas diferentes na literatura para a distância de seqüências por reversão:

1. d(α) = n + 1 - c(α) + h(α) + f
2. d(α) = b(α) - c(α) + h(α) + f

onde n é o comprimento da seqüencia, b(α) é o número de breakpoints, h(α) é o número de obstáculos (hurdles) e f é um fator de correção para fortalezas (fortresses).

Por que há esta diferença?

1. Na 1ª fórmula c(α) é o total de ciclos menos os ciclos de tamanho 2. Na segunda c(α) é simplesmente o total de ciclos.
2. Na 2ª fórmula c(α) é o total de ciclos menos os ciclos de tamanho 2. Na primeira c(α) é simplesmente o total de ciclos.
3. Na 2ª fórmula c(α) é o total de ciclos bons. Na primeira c(α) é o total de ciclos ruins.
4. Na 1ª fórmula c(α) é o total de ciclos bons. Na segunda c(α) é o total de ciclos ruins.
5. NDA

Autor(a): Pedro Henrique Del Bianco Hokama

085-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 085
Enunciado: Considere o grafo de realidade e desejo a seguir, e os possíveis tipos de reversões seguras que existem. Qual dos tipo de reversão segura, se aplicandos neste momento, estarão caminhando na direção de ordená-lo com o mínimo número de reversões?

I. Reversão segura Tipo 1: definida sobre duas arestas reais divergentes em um ciclo bom. II. Reversão segura Tipo 2 (Hurdle Merging): definida sobre duas arestas reais em hurdles não consecutivos. III. Reversão segura Tipo 3 (Hurdle Cutting): definida sobre duas arestas reais de um mesmo ciclo ruim.

1. Somente I e II
2. Somente I e II
3. Somente II e III
4. O grafo consiste em uma fortaleza, logo não há reversão segura.
5. NDA

Autor(a): Fabio L. Usberti

084-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 084
Enunciado:
Considere as seguintes afirmações sobre ordenação por reversões:

I - A distância de reversão é igual ao tamanho das seqüências mais um, menos o número total de ciclos, mais o número de obstáculos e o fator de correção para fortalezas.
II - Uma reversão segura diminui o número de ciclos menos obstáculos em um.
III - Só existe uma reversão segura se existir uma boa componente.

Quais são verdadeiras?

1. Somente I e II.
2. Somente I e III.
3. Somente II e III.
4. I, II e III.
5. NDA

Autor(a): João Paulo Pereira Zanetti

083-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 083
Enunciado:
Com relação aos conceitos de ordenação por reversão (no assunto de rearranjo genômico), assinale a alternativa que corresponde ao número mínimo de reversões pelos quais a sequência abaixo terá de passar para se igualar à sequência identidade:

1. 13
2. 14
3. 15
4. 16
5. NDA

Autor(a): Tiago Takamoto

082-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 082
Enunciado:
Com relação ao Diagrama Realidade-Desejo, qual das definições abaixo está correta?

1. Ciclo próprio = tem pelo menos 4 arestas
2. Ciclo bom = possui duas arestas desejo que divergem
3. Ciclo ruim = possui duas arestas realidade que convergem
4. Ciclos sobrepostos = uma aresta realidade de um ciclo cruza uma aresta realidade de outro ciclo
5. NDA

Autor(a): Priscila do Nascimento Biller

081-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número:  081
Sobre o texto "Lecture 16: Genome rearrangements, sorting by reversals Saad Mneimneh" discutido em sala de aula, considere o diagrama de Realidade e Desejo abaixo, no qual os ciclos foram identificados com as letras A, B, C e D.
Assinale a alternativa correta:

o diagrama possui 4 ciclos e 4 componentes. D forma sozinho um componente ruim. A e C são ciclos bons. B é um ciclo bom. NDA

Autor(a): Gustavo Waku

080-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 080
Enunciado:
Dada a seqüência π = (-3, 2, -5, -6, 7, -8, 1, 4, 9), qual das seqüências abaixo pode ser obtida a partir de π pela aplicação de uma reversão?

1. (-3 -7 6 5 -2 -8 1 4 9)
2. (9 4 1 -8 7 -6 -5 2 -3)
3. (3 -2 5 6 -7 8 -1 -4 -9)
4. (-3 -2 -5 -6 -7 -8 1 4 9)
5. NDA

Autor(a): Danilo Brandão Gonçalves

079-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 079
Enunciado:
Segundo Mneimneh (lec 16), pode-se transformar um genoma A em um genoma B atráves de reversões (reversals). Modelando genomas como seqüências de blocos orientados, e dadas as informações abaixo sobre quatro tais seqüências, qual delas tem maior chance de ser ordenada com menos movimentos (reversões) ? Suponha que todas elas tenham o mesmo número de obstáculos.
I - Seqüência de tamanho 10 com 4 ciclos ( c(I) = 4 )
II - Seqüência de tamanho 12 com 5 ciclos ( c(II) = 5 )
III - Seqüência de tamanho 14 com 7 ciclos ( c(III) = 7 )
IV - Seqüência de tamanho 16 com 6 ciclos ( c(IV) = 6 )

1. A seqüência I.
2. A seqüência II.
3. A seqüência III.
4. A seqüência IV.
5. NDA

Autor(a): Bruno Conti Marini

078-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 078
Enunciado:
Sobre os efeitos de uma reversão no grafo de realidade e desejo, e sendo p a reversão definida por duas arestas realidade a e b, é correto afirmar que (em relação aos ciclos no grafo realidade e desejo):
I- se a e b pertencem ao mesmo ciclo e convergem, o número de ciclos se mantém;
II- se a e b pertencem ao mesmo ciclo e divergem, retira-se um ciclo;
III- se a e b pertencem a ciclos distintos, adiciona-se um novo ciclo;

1. Somente I.
2. Somente II.
3. Somente III.
4. I, II, III.
5. NDA

Autor(a): Victor de Abreu Iizuka

077-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 077
Enunciado:
No que diz respeito ao diagrama (ou grafo) de realidade e desejo, qual das alternativas abaixo NÃO corresponde a uma de suas propriedades:

1. Cada ciclo composto por duas arestas corresponde a um não-breakpoint.
2. Em cada vértice incidem exatamente duas arestas, uma real e uma desejada.
3. O número máximo de componentes do grafo é (n + 1), onde n é o número de blocos do genoma que se deseja rearranjar.
4. Os componentes conexos do grafo correspondem a ciclos de arestas alternantes entre reais e desejadas.
5. NDA

Autor(a): Fabio L. Usberti

076-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 076
Enunciado:
Dada a pertumação (-2,+1,+3,-4). Qual dos diagramas abaixo representa o "diagrama realidade desejo" da permutação apresentada com a de identidade?

1. 
2. 
3. 
4. 
5. NDA

Autor(a): Maria Angélica Lopes de Souza

075-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 075
Enunciado:
Considere o problema de ordenação por reversões. Quantos breakpoints tem a permutação (-1, +2, -4, -3, +5) em relação à identidade?

1. 2
2. 3
3. 4
4. 5
5. NDA

Autor(a): João Paulo Pereira Zanetti

074-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 074
Enunciado:
Qual o primeiro passo no algoritmo de reconciliação de montagens visto em aula?

1. Fechar gaps
2. Criar gaps em pontos problemáticos
3. Calcular estatisticas de compressão e expansão
4. Alinhar as sequências de referência e suplementar
5. NDA

Autor(a): Pedro Henrique Del Bianco Hokama

073-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 073
Assinale a alternativa correta que preenche o texto abaixo:

Na atualidade, existem vários tipos de abordagens para realização de montagem de sequências.  Nos últimos anos, tornou-se muito popular uma métrica denominada N50 que é utilizada na comparação desses montadores.  Esta métrica _____ ser utilizada para dizer que uma montagem é mais correta que outra.  Se um algoritmo de montagem aplicado sobre um genoma de tamanho 70
produza contigs de tamanhos { 15, 10, 8, 7, 5, 5, 5, 5, 5, 3, 2 }, o N50 deste algoritmo é ______.

1. não pode, 7
2. pode, 7
3. não pode, 8
4. pode, 8
5. NDA

Autor(a): Gustavo Waku

072-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 072
Enunciado:
Sobre os artigos "Assembly Reconciliation" de Zimin e colegas (2008) e "Beware of mis-assembled genomes" de Salzberg e Yorke (2005), quais das afirmativas abaixo são falsas:
I- O Algoritmo "Assembly Reconciliation" utiliza leituras (reads) casadas.
II- Em "Beware of mis-assembled genomes" o autor afirma que todos os genomas disponibilizados no GenBank são confiáveis.
III- O processo usado no "Assembly Reconciliation" é simétrico para as montagens de referência e suplementar.

1. I e II.
2. I e III.
3. II.
4. II e III.
5. NDA

Autor(a): Maria Angélica Lopes de Souza

071-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 071
Enunciado:
Com relação à ordenação de sequências por transposição, assinale a alternativa que representa o número de ciclos e suas características do grafo de ciclos apresentado abaixo:

1. Temos um 2-ciclo e um 4-ciclo
2. Temos um 2-ciclo e um 5-ciclo
3. Temos um 3-ciclo e um 4-ciclo
4. Temos um 7-ciclo
5. NDA

Autor(a): Tiago Takamoto

070-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 070
Enunciado:
Os números de breakpoints nas sequências {1, 2, 3, 5, 4} e {2, 1, 3, 4, 5, 7, 6, 8} são, respectivamente:

1. 2 e 2
2. 2 e 6
3. 3 e 2
4. 3 e 6
5. NDA

Autor(a): Bruno Conti Marini

069-2008

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 069

Enunciado:
Considere a seqüência genômica acima, composta por duas subseqüências iguais (repeats). Uma certa montagem incorreta dessa seqüência resultou em uma compressão. Qual das montagens abaixo melhor se enquadra como sendo composta por uma compressão?

1. 
2. 
3. 
4. 
5. NDA

Ideia original de Fabio L. Usberti

068-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 068
Enunciado:
Quantos breakpoints tem a permutação 512436?

1. 2
2. 3
3. 4
4. 5
5. NDA

Autor(a): João Paulo Pereira Zanetti

067-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 067
Enunciado:
Por que o genoma da bactéria Neisseria meningitidis é interessante para se testar a eficiência de um montador:

1. Por que é um dos mais simples e fáceis de se compreender dos genomas completos
2. Por que é um dos mais difíceis de montar e rico em repeats que já foi completado.
3. Por que é extremamente longo, perto do tamanho do genoma humano.
4. Por que é rico em erros de leitura, e possui muitos reads de baixa qualidade.
5. NDA

Autor(a): Pedro Henrique Del Bianco Hokama

066-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 066
Enunciado:
Sobre os textos "Cap3:A DNA Sequence Assembly Program" e "An Eulerian path approach to DNA fragment assembly" discutidos em aula, consirede as seguintes afirmações:

I - O programa Cap3 utiliza a abordagem "overlap-layout-consensus" baseado na qualidade das bases dos "reads".
II - No segundo texto, a montagem do caminho euleriano é feito a partir da montagem de um grafo de Brujin no qual cada "read" é um vértice e cada "overlap" é uma aresta.
III - O programa Cap3 geralmente produz contigs maiores do que o PHRAP.
IV - Ambos os textos abordam métodos que são capazes de extrair um contig das "chimeric reads".

são CORRETAS as afirmações:

1. somente I.
2. II, III e IV.
3. II e IV.
4. somente III.
5. NDA

Autor(a): Gustavo Waku

065-2008

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 065
Enunciado:
Qual dos passos abaixo NÃO faz parte do algoritmo de montagem do software CAP3 ?

1. O sistema define se a comparação para detectar overlaps será feita com alinhamentos globais ou semi-globais
2. Falsos overlaps são identificados e removidos
3. Cálculo dos overlaps
4. Limpeza de pontas
5. NDA

Ideia original de: Filipe Benevides Netto

064-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 064
Enunciado:
Sobre o algoritmo de montagem de DNA utilizando super-caminhos de Euler podemos afirmar que:

1. ele é mais eficiente porque diminui consideravelmente o numero de reads.
2. para lidar com repeats ele tenta mascará-los, montando um grafo onde eles não apareçam
3. o número de contigs aumenta quando se compara a algoritmos de montagem clássicos como o da Celera
4. na montagem de seu grafo, ele usa muito mais reads, mas diminui o número de contigs ao final
5. NDA

Autor(a): Danilo Brandão Gonçalves

063-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 063
Enunciado: Considere a seqüência S=GACTCGACGA de tamanho n = 10. O grafo de Bruijn (da forma definida no artigo "An Eulerian path approach to DNA fragment assembly" de P. Pevzner, H. Tang, e M. S. Waterman, 2001), considerando tuplas de tamanho l = 4, pode ser representado por qual das alternativas abaixo? DICA: Veja quais são as diferenças entre as figuras e vá eliminando as incorretas.

1. 
   
2. 
   
3. 
   
4. 
   
5. NDA

Autor(a): Fabio L. Usberti

062-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 062
Enunciado:
Assinale a afirmativa verdadeira sobre o CAP3:

1. Não utiliza valores de qualidade das bases.
2. Utiliza apenas alinhamento local.
3. Seu desempenho foi pior que Phrap no estudo comparativo utilizando BACs publicado por Huang e colegas em 1999.
4. Possui três etapas principais: (i) cortes de pontas 3' e 5' de baixa qualidade e identificação de sobreposições, removendo as falsas (ii) formação de contigs usando restrições foward-reverse (iii) alinhamento múltiplo e formação da seqüência consenso.
5. NDA

Autor(a): Maria Angélica Lopes de Souza

061-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 061
Enunciado:
Quando é realizado o consenso nos programas CAP3 e EULER?

1. No fim, em ambos.
2. No início, em ambos.
3. No fim do CAP3 e no início do EULER.
4. No CAP3, o consenso é realizado no início e, no EULER, não existe uma fase de consenso.
5. NDA

Autor(a): João Paulo Pereira Zanetti

060-2008

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 060
Enunciado:
Qual dos problemas abaixo NÃO é NP-difícil?

1. Inferência de Haplótipos por Pura Parcimonia
2. Inferência de Haplótipos por Resolução Máxima
3. Inferência de Haplótipos por Filogenia Perfeita
4. Programação Linear Inteira
5. NDA

Autor(a): Priscila do Nascimento Biller

059-2008

MO640 - Questão para a prova oral

Número: 059
Enunciado:
Com relação à modelagem de árvores evolucionárias e ao conceito de matriz de distância ultramétrica, assinale a alternativa que melhor preenche a seguinte matriz para que fique ultramétrica:

	a	b	c	d	e
a	0	2	[A]	1	1
b	-	0	2	[B]	2
c	-	-	0	1	1
d	-	-	-	0	[C]
e	-	-	-	-	0

1. A=1 ; B=1 ; C=2
2. A=1 ; B=2 ; C=1
3. A=2 ; B=1 ; C=2
4. A=2 ; B=3 ; C=1
5. NDA

Autor(a): Tiago Takamoto