065-2007

MO640 - Questão para a prova oral
Número: 065
Enunciado:
Qual das alternativas abaixo não está de acordo com o texto "A simple toolkit for DNA fragment assembly - João Meidanis"

1. Na parte de validação dos pares, um alinhamento será considerado aceitável se o comprimento da região de sobreposição (overlap-length) e a taxa
   "score / overlap-length" tiverem valores superiores a mínimos previamente fixados.
2. No algoritmo apresentado no texto, para se encontrar quais pares de fragmentos possuem regiões de sobreposição, testa-se
   os pares g e f da seguinte forma:
   - g e f
   - g e f ^{complemento reverso}
   - g ^{complemento reverso} e f
   - g ^{complemento reverso} e f ^{complemento reverso}
   
3. O algoritmo usado para unir os fragmentos é uma heurística gulosa que leva em conta apenas os fragmentos originais.
   
4. Durante a fase de pós-processamento, para se decidir qual base deve fazer parte do consenso em uma coluna com substituição, usa-se a base
   que aparece com maior frequência, caso haja mais de uma base com tal característica, um esquema previamente fixado para tal escolha deve ser usado.
   
5. NDA

Autor(a): Wagner Rogério de Andrade